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云正在改变研究的4种方式
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云正在改变研究的4种方式

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云正在改变研究的4种方式

基于云的信息学解决方案已成为研究的组成部分。如今,云无处不在,每个新的信息学工具似乎都具有一定的云功能或功能。但是,这实际上对研究人员意味着什么?有了这份方便的列表,您会发现答案“很多”,因为我们探讨了云改变研究的四种关键方式。

云的定义


在开始之前,重要的是要准确地列出云计算的含义。云计算使用户可根据需求提供各种IT服务和资源,而这些资源必须由该用户直接管理或托管。云计算资源是通常定义他们提供的大量资源,利用规模经济,平台的弹性(可以根据用户的需要增长或缩小)以及资源的共享和灵活性。

云计算通常分为三种服务。软件即服务(SaaS)模型以付费计算为基础提供应用程序和软件。Platform-AS-A-Service(PAAS)提供了在云基础架构中设计定制应用程序所需的开发工具,而基础架构-AS-A-Service(IAAS)允许用户通过云通过云来利用高性能计算的能力。要发现有关如何设计基于云的信息学的更多信息,请下载我们的信息图表这里。目前,让我们研究云正在改变研究的四种方式。

增加访问申请


云技术开始随着SaaS的使用,过去五年来,这些软件模型变得司空见惯2012。SaaS消除了实验室的昂贵许可证的财务负担,并替换了便宜得多的付费模型,并允许研究人员使用所需的工具来完成所需的任务 - 仅此任务。PAAS模型为研究人员提供了使用云提供商的基础架构设计自己的应用所需的工具(我们将介绍以下基础架构的好处)。现在,通过云的付费模型提供的应用程序现在远远超出了基本文字处理器和电子邮件客户端。研究人员现在可以使用基于云的实验室信息管理系统,由供应商提供的电子实验室笔记本和色谱数据系统,并且借助PAAS解决方案的灵活性,可以利用云来用于专业应用程序。因此,云可以提供在整个生物医学科学中有益的应用程序。您命名,有一个基于云的工具:医学影像电生理学质谱

每个人的超级计算机


IaaS可能是具有最广泛吸引力的云应用程序 - 而不是提供专业应用程序,而是为任何可能需要它们的科学家提供了高性能计算资源。这对研究产生了两个重大影响。首先,为大数据项目打开了大门,这些项目越来越重要。幻象爆炸已经使大型数据集变得越来越普遍。一个整个基因组序列填充了100千兆字节的数据,即使是使用经典计算方法的最耐心的研究人员,分析此大小的文件所花费的时间也会变得麻木。相反,像CloudAligner和Cloudburst允许研究团队从自己的基础架构中减轻负担,并在后端服务器中分解工作。这使研究人员有可能利用以前过于笨拙的数据集。云技术中的同时繁荣才使《奥米奇革命》成为可能。

IAAS平台的第二个主要影响是对科学的巨大民主化。这些大数据项目不再仅仅是主要研究机构的储备,尽管它们仍然能够获得非常强大的内部技术。Blue Brain Project是一项神经模拟计划,以瑞士ÉcolePolytechniquefédéraledeLausanne为基础1800万美元为了涵盖其新的超级计算机Blue Brain 5.使用云计算,如果您的预算不完全涵盖了几十个Petaflops,则不受进行所需的实验的限制。云启用的平台的一个很好的例子是Broad Institute冰火,一个可扩展数据分析的开放平台,可供任何具有Google帐户的研究人员访问。FireCloud的弹性性质意味着研究人员可以按照他们的意愿使用尽可能多的功能。该研究所还为用户提供了最佳的练习流程。

满足您所有需求的数据库


在开始使用基于云的分析应用程序并利用基于云的超级计算机之前,研究人员需要访问数据,并且云在提供该访问方面起着越来越重要的作用。来自大规模基因组学项目的数据,例如1000个基因组可通过云提供商Amazon Web Services(AWS)获得。您会发现,即使云正在开放科学,云服务的提供仍然是寡头,亚马逊,Google和Microsoft拥有市场一半对于它们之间的云基础架构。NIH决定在2015年开放其基因数据库对云存储的决定只帮助加速了云数据库的增长。作为参与PAN癌的整个基因组分析的研究人员,在最近的自然评论中详细介绍了,如果研究人员想下载国际癌症财团的数据集,该数据集的重量为两个PB,相当于不到7年的全高清视频录制 - 那么典型的大学互联网连接将使他们等待15个月以上。云技术是在大数据的新时代存储和下载文件的最佳方法。

分享可以成为现实


建立大量的结果,像数据龙一样坐在它们上,对任何人都没有好处。在现代研究中,有效有效地共享数据至关重要,云使该过程变得无限地容易。Cloud Innovation是NIH的BD2K计划的关键部分,该计划旨在最大化生物医学科学的数字潜力,同时欧洲开放科学云(EOSC)是一个欧洲范围内的项目,旨在为科学家建立数据共享。尽管对于EOSC,云术语是对开放数据的隐喻,但云技术对于项目制作数据的目标以及分析该数据所需的资源至关重要,可以在整个非洲大陆上访问。

认识作者
Ruairi J Mackenzie
Ruairi J Mackenzie
高级科学作家
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