对观察到的表型反应基础的药物靶标的回顾性鉴定称为靶标反应。可以通过多种方法（包括：亲和色谱，表达键合，蛋白质微阵列，“反转染”细胞微阵列和生化抑制。

该列表突出显示了可以应用于目标反卷积的五种方法。

1.亲和力色谱法

通过修饰小分子（配体），引入了一个“接头”，可以通过亲和力色谱进行靶向反卷积，从而使其能够固定，然后将固定的配体与蛋白质提取物一起孵育。通过洗涤去除未结合的蛋白质，仅留下结合的蛋白质 - 与配体具有足够的亲和力。然后使用干扰目标蛋白质 - 配体相互作用的缓冲条件洗脱结合的蛋白质。然后确定靶蛋白 - 通常使用质谱法或免疫检测方法。

2.表达键合

噬菌体显示，mRNA显示和三杂交系统都是表达克隆技术的示例。

噬菌体显示

噬菌体显示器使您能够以噬菌体库的形式呈现噬菌体表面上的潜在靶蛋白。然后将噬菌体（显示不同蛋白质）暴露于小分子候选药物（固定化）。与小分子具有亲和力的噬菌体被“捕获”并通过洗涤去除未结合的噬菌体。使用细菌宿主细胞洗脱并放大了显示目标蛋白的结合噬菌体。然后使用DNA测序来鉴定蛋白质靶标。

mRNA显示

mRNA显示是体外通过放大和转录cDNA库的方法，将产生的mRNA连接到DNA接头，并且体外进行翻译以产生蛋白质-MRNA融合分子。将它们纯化，并进行反转录以创建cDNA模板（以后用于放大）。mRNA显示分子文库与固定药物孵育，并通过洗涤去除未结合的蛋白质核酸络合物。然后将cDNA放大（PCR），以产生富含结合该药物的蛋白质的文库。随后选择后，使用DNA测序来鉴定cDNA。

三杂交系统

三杂交系统通过3个部分的相互作用发挥作用。第一个由与配体结合域相关的DNA结合域组成。第二个由与小分子候选药物相关的配体组成。第三个成分由与蛋白质（潜在药物靶标）融合的转录激活结构域组成。如果小药物候选者与蛋白质相关联，则三个部分连接形成三聚体复合物，从而导致报告基因的表达 - 用于测量相互作用。

3.蛋白质微阵列

蛋白质微阵列可以对靶标和候选药物之间的分子相互作用进行高通量分析。首先纯化要分析的蛋白质靶标，然后将其固定在载玻片上。所得阵列具有许多潜在目标（固定在特定位置）。它与小分子候选药物的标记版本一起孵育。然后将阵列彻底洗涤以去除任何未结合的分子。洗涤后，任何剩余的标记信号“斑点”表明成功的药物蛋白结合。然后可以将标记的药物蛋白复合物的位置映射到固定在该位置的特定蛋白质靶标。

4.反向转染的细胞微阵列

“反向转染”的细胞微阵列有时被称为“生活”微阵列，作为活细胞（用CDNA转染）而不是蛋白质。转染的细胞在阵列的不同位置表达特定的cDNA，因此该阵列被覆盖在过表达特定位置的特定蛋白质的细胞簇中。与蛋白质微阵列一样，细胞微阵列与小分子候选药物的标记版本一起孵育，这可以检测到靶蛋白。

5.生化抑制

生化抑制是鉴定药物靶标和信号通路成分的替代策略。与许多其他目标反卷积策略不同，这种方法不取决于分子对其生物学靶标的亲和力。生化抑制涉及将小分子添加到蛋白质提取物中，从而抑制感兴趣的活性 - 使用活性测定法测量抑制作用。首先，将蛋白质提取物与已知抑制感兴趣活性的分子混合。然后将非抑制蛋白提取物分馏并引入被抑制的提取物，然后可以确定任何馏分是否抑制抑制作用。如果鉴定出馏分，可以抑制小分子的抑制活性，则进行进一步的分馏以净化抑制剂活性。

参考

Terstappen，G.，Schlüpen，C.，Raggiaschi，R。和Gaviraghi，G。（2007）。药物发现中的目标反卷积策略。比利时罗马尼亚比分直播自然评论药物发现，6（11），比利时罗马尼亚比分直播891-903。doi：10.1038/nrd2410
Wermuth，C.，Aldous，D.，Raboisson，P。，＆Rognan，D。（2015年）。药物化学实践（第4版，第45-70页）。