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人类蛋白质上的“秘密门”可以打开新药机会
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人类蛋白质上的“秘密门”可以打开新药机会

三维图像从不同角度显示人蛋白PSD95-PDZ3。显示的是活跃位点中的结合伴侣cript(黄色),其蓝色颜色梯度表明对变构作用的潜力增加。基于PDB登录1BE9。信用:AndréFaure/CRG。
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根据一项新研究的发现,人类蛋白质表面上的潜在治疗靶标比以前想象杂志自然


巴塞罗那基因组调节中心(CRG)的研究人员开发的一项开创性的新技术揭示了存在许多以前秘密的门,这些门可以控制蛋白质功能,从理论上讲,这些功能可以极大地改变疾病的过程作为痴呆症,癌症和传染病的品种。


在同一时间同时执行数万实验的方法已被用来绘制这些难以捉摸的目标的第一张图,也称为变构位点,在两个最常见的人类蛋白中,表明它们很丰富并可以识别。


这种方法可能会改变药物发现的游戏规则,从而导致更安全,更聪明,更有效的药物。比利时罗马尼亚比分直播它使世界各地的研究实验室能够找到并利用任何蛋白质中的脆弱性,包括先前认为“不可能”的蛋白质。


蛋白质在所有生物体中都起着核心作用,并发挥重要功能,例如提供结构,加快反应,充当使者或抗击疾病。它们由氨基酸制成,在三维空间中折叠成无数不同的形状。蛋白质的形状对于其功能至关重要,在氨基酸序列中仅有一个错误,导致对人类健康的潜在毁灭性后果。


变构是蛋白质功能的最大尚未解决的奥秘之一。当分子与蛋白质的表面结合时,变构效果会发生,而蛋白质的表面又导致同一蛋白质中遥远的位点发生变化,从而通过遥控器调节其功能。许多引起疾病的突变,包括众多癌症驱动因素,由于其变构作用而具有病理。


尽管具有根本的重要性,但很难找到变构遗址。这是因为控制蛋白质如何在原子水平上起作用的规则被隐藏在视线之外。例如,蛋白质可能在传入分子的存在下变形,揭示其表面深处的隐藏口袋可能是变构性的,但仅使用常规结构测定。


猎人传统上设计了针对蛋白质活性部位的治疗方法,即发生化学反应或靶标的小区域。这些药物的缺点,也称为正常药物,是许多蛋白质的活性位点看起来非常相似,因此药物倾向于立即结合并抑制许多不同的蛋白质,从而导致潜在的副作用。相比之下,变构位点的特异性意味着变构药物是当前可用的一些最有效的药物类型。许多变构药物偶然地发现了从癌症到艾滋病再到激素疾病的各种疾病。


该研究的作者通过开发一种称为Double Deep PCA(DDPCA)的技术来应对这一挑战,他们将其描述为“蛮力实验”。“我们有目的地以数千种不同的方式打破事物,以建立有关事物的工作原理的完整情况。”“这就像怀疑有故障的火花塞,但不仅仅是检查一下,机械师会拆除整个汽车并逐件检查。通过一口气测试一千件事,我们确定了所有真正重要的作品。”


该方法通过更改构成蛋白质的氨基酸来起作用,从而产生数千种不同版本的蛋白质,仅一两个序列上的差异。然后在实验室的活细胞中同时测试突变的作用。


该技术的长期益处之一是研究蛋白质功能和演变的潜力。该研究的作者认为,如果扩大规模,该方法可能有一天会导致进步,从而可以准确地预测蛋白质从其氨基酸序列中的特性。如果成功的话,作者认为这将引入一个预测分子生物学的新时代,从而使新医学和基于生物学的工业更快地发展。


“尽管某些工具可以通过阅读蛋白质的结构来预测蛋白质的结构,但我们的方法通过告诉我们蛋白质的工作方式进一步迈进了一步。这是使生物学像飞机,桥梁或计算机一样可用的更大愿景的一部分。我们已经面临70多年的挑战,但事实证明,它们比我们以前想象的更容易挑战。雷纳博士总结说,如果我们成功,它将以前所未有的可能性开放一个新的领域。


参考:Faure A,Domingo J,Schmiedel J等。绘制蛋白质结合结构域的能量和变构景观。自然。2022. doi:10.1038/S41586-022-04586-4


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