Vizgen,一个生命科学公司,致力于推进人类健康通过可视化空间单细胞基因组学信息,最近发起了一场持续的数据发布程序,给科学界对开源空间基因组数据的访问。发布的第一个数据集作为程序的一部分,MERFISH老鼠受体地图基因组学,是最大的公共数据集空间可用。
乔治•伊曼纽尔博士科学创始人之一,技术和伙伴关系主任Vizgen,采访了捷克葡萄牙直播告诉我们更多关于这个项目,它的目标和预期的影响。在这次采访中,伊曼纽尔博士还讨论了一些最令人兴奋的发现老鼠受体地图,突显出数据集将受益人类细胞阿特拉斯项目。
安娜·麦克唐纳(AM):你能告诉我们更多关于数据发布程序的起源和目的?
乔治·伊曼纽尔(GE):空间与单分子转录组分析解决跨整个组织有潜力提供接下来的一步对我们理解复杂的生物系统。我们一起把我们的数据发布程序向社会介绍的数据类型MERSCOPE平台措施两个关键原因。第一,作为一个资源,可以补充研究已经开始,以更好地了解大脑的功能组成。第二,这些数据作为例子研究人员的高分辨率空间转录组数据可能适用于他们的特定的研究问题。第三,提供一个完整的数据集可以使计算社区开始开发工具从这种类型的数据中提取相关的生物学特性。空间基因组学是一个新兴领域,我们想帮助教育那些从来没有接触过这类数据理解类型的见解和发现下一代基因组学将启用。
问:你希望什么影响对开源空间基因组数据的访问会有吗?
通用电气:高质量的开源数据有可能加速生物发现。大多数学术数据最终最终在公共领域,但通常一年或两年之后第一个获得。MERFISH以来已经验证通过各种顶级科学出版物,我们熟悉的质量数据生成和MERSCOPE想获取数据到尽可能多的研究人员的手中,这样他们就可以开始挖掘生物洞察力。我们希望提供开源空间基因组数据将帮助研究团体了解额外的信息在空间基因组学水平。公开这些数据我们的愿景是让研究人员作出新发现与生物学意义或启发开发新工具分析数据。
问:如何将程序符合人类细胞Atlas项目吗?
通用电气:项目是一个人类细胞图谱倡议创建一个全面的参考地图的人类细胞。地图的自然需要空间信息和没有商业技术除了MERSCOPE市场上可以提供单个细胞的信息对所有细胞在大型组织和如此高的多路复用能力。我们MERFISH老鼠大脑受体地图显示的能力MERFISH带领人类细胞Atlas项目。例如,这些数据可以帮助人类细胞图谱社区建立在现有的单一细胞测量发现新发现,或为生物信息学研发管道。我们看到很多的可能性方法可能适合人类细胞图谱的数据项目,我们期待着呈现在人类细胞阿特拉斯会议在6月底。
问:如何生成的数据集?
通用电气:生成数据集使用原型MERSCOPE平台的解决方案。数据集包含9个完整的冠状切片measurements-three位置在老鼠大脑和三个生物复制在每个位置。每个片处理后我们的标准MERSCOPE样本准备协议。从新鲜冷冻组织块,10微米厚片剪切和粘到MERSCOPE幻灯片,MERSCOPE编码探针被杂化每个二进制条形码印在有针对性的成绩单,和样本放在MERSCOPE读出条形码使用顺序轮成像。平台获得的原始图像在整个样本和处理这些图像解码的条形码和识别的RNA转录的位置除了分段细胞体使用额外的DAPI和PolyT污渍。这导致MERSCOPE发布所有九片输出:所有检测到的列表记录及其在三维空间位置(CSV),马赛克图像(TIFF),输出单元细分分析包括记录每个细胞矩阵(CSV),细胞元数据(CSV)和单元边界(HDF5)。
问:为什么老鼠受体地图被选为第一个数据集?
通用电气:大脑包含一个复杂的安排不同类型的细胞,包括许多变化的抑制和兴奋性神经元、星形胶质细胞、单核细胞、内皮细胞和少突胶质细胞。我们仍然没有一个完整的了解这些细胞的空间安排在大脑和空间组织如何有助于整体出现复杂的认知过程,但MERFISH是一个工具,它允许研究人员直接询问这些方面。我们选择了MERFISH老鼠大脑受体地图作为第一个数据集,因为它显示了空间转录组的力量推进生物发现的最具挑战性的组织完全理解。
问:透露任何细节特别感兴趣的吗?
通用电气:对于这第一个数据集,我们构建了一个小组483个基因,包括规范的标记和~ ~ 450小鼠大脑受体,包括GPCRs和rtk。GPCRs调解信号,可能扮演重要角色背后的大脑衰老和神经退行性疾病,但低表达和与其他技术难以捕捉。尽管许多GPCRs以前从未被广泛特征在大脑,几乎所有重要的空间组织展出。一些突出的数据集是我们展示的能力MERSCOPE检测包括一些特别低表达基因OXTR(催产素受体)TSHR(促甲状腺激素受体)INSR(胰岛素受体)。的能力来检测低表达基因这些GCPRs可以帮助药物开发等我们开始理解的功能意义不同GPCRs表示不同的大脑区域,只是一个例子。
问:你能评论未来地图册的管道?
通用电气:我们计划继续发布数据集突出的力量MERSCOPE平台在不同的应用领域。有可能将我们的下一个数据发布更多的临床相关的,如人类癌症组织,或密集的组织细胞分割在哪里不像大脑那样简单。我们有许多令人兴奋的结果从内部项目,可能会导致更多的数据发布。我们希望最终建立一个图书馆的访问和MERFISH编目数据研究社区。
乔治·伊曼纽尔是安娜·麦克唐纳,博士科学作家技术网络。捷克葡萄牙直播
