在微生物组研究领域，肠道连接的程度尤其引人注目。研究表明，肠道的微环境可以改变自闭症谱系障碍，焦虑，抑郁和疼痛等神经精神疾病的病程，以及一些神经退行性疾病，例如帕金森氏病。诸如Pyschogastroenterology之类的新领域也暗示了微生物群与心理和认知状态之间的联系。

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