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对DNA和蛋白质连接的新见解
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对DNA和蛋白质连接的新见解

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对DNA和蛋白质连接的新见解

学分:Gerd Altmann/ Pixabay
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约翰·霍普金斯彭博公共卫生学院的研究人员领导的一项新的基因地图研究痕迹在两个大型和不同人群中,DNA变异与成千上万的血蛋白之间的联系。结果应帮助研究人员更好地了解疾病的分子原因,并确定可以针对治疗这些疾病的蛋白质。


该研究包括9,000多名欧洲或非洲血统的美国人,并为这两个群体创建了DNA到蛋白链接的地图。该研究被认为是其中第一个包括两个大型和祖先不同的人群。蛋白质在细胞功能中起关键作用,蛋白质机制(通常受DNA变异调节)的变化会导致疾病。DNA到蛋白的映射可以帮助解释两组中某些疾病率的差异,并帮助研究人员了解一些健康差异。


该研究于5月2日出现自然遗传学


数十年来,研究人员通过所谓的遗传图研究研究了人类疾病的分子根。最著名的是全基因组协会研究(GWAS)。GWA通常通过分析受试者的DNA(通常一次或数十万个个体)与给定疾病的史联系,通常将DNA的变化与疾病风险联系起来。这发现了将疾病与特定DNA变异联系起来的统计关联。


GWAS图片中缺少:通过GWAS分析鉴定的大多数与疾病相关的DNA变异不在蛋白质编码基因中。因此,研究人员认为,通过调节基因到蛋白质生产过程的一个或多个步骤,从而改变了蛋白质水平,从而改变了许多(甚至大多数)与蛋白酶相关的DNA变异。将疾病直接与蛋白质联系起来,研究人员可以更好地理解疾病的根源,并确定预防疾病和治疗的蛋白质靶标。


“这项相对较新的地图研究提供了大量信息,可以使研究人员能够测试蛋白质在各种类型的健康结果(癌症风险,心脏病,严重的covid风险)上的潜在联系,并有助于开发或重新使用治疗药物,即研究高级作家Nilanjan Chatterjee博士,彭博社彭博著名教授彭博学校的杰出教授。


为了证明DNA-蛋白映射的应用,研究人员使用IT将现有的类风湿关节炎药物鉴定为一种合理的新疗法,用于普通的关节痛疾病,称为痛风。


这项研究是Chatterjee团队与医学博士Josef Coresh的研究小组之间的合作,彭博学院流行病学系的乔治·W·Comstock教授与该论文的合着者之一以及多个机构的同事。


该分析涵盖了7,213名欧洲血统的美国人和1,871名非洲裔美国人,以长期运行的社区动脉粥样硬化风险(ARIC)研究,由Coresh领导;赌欧洲杯赔率和467名来自非裔美国人肾脏疾病和高血压研究(AASK)的非裔美国人。在这两项研究中,研究团队都对参与者的基因组进行了测序,并记录了数千种不同蛋白质的血液水平。


在他们的映射研究中,Chatterjee的团队分析了ARIC和AASK基因组数据,以识别超过两千种常见的DNA变异,这些变异与编码许多这些蛋白质的基因接近,并与蛋白质的血液流水平相关。


Chatterjee说:“了解这些预测某些蛋白质水平的DNA变体的价值是,我们可以检查更大的GWAS数据集,以查看这些相同的DNA变体是否与疾病风险联系在一起。”


他们使用欧美数据集,发现它预测了几种蛋白质,其水平会影响痛风或血液相关的化学尿素的风险。这些蛋白质包括白介素1受体拮抗剂(IL1RN)蛋白,似乎降低了痛风风险,这一发现表明现有的类风湿关节炎药物Anakinra(模拟IL1RN)是一种合理的新疗法。


拥有来自白人和黑人美国人的数据,研究人员可以比仅限于一个或另一个的研究人员更精细地绘制与蛋白质相关的DNA变体。研究中产生的非洲官员模型将允许对不同人群的遗传背景如何促进疾病率的差异的未来分析。


“我们知道,例如,前列腺癌的风险在非洲裔美国男性中较高,因此,原则上,人们可以将有关非裔美国人的前列腺癌GWAS与我们的蛋白质数据结合在一起,以鉴定有助于在该人群中升高前列腺癌风险的蛋白质,查特吉说。


该团队已公开提供其数据集和蛋白质预测模型在线的因此研究人员可以使用资源。查特吉(Chatterjee)的团队和合作者预计,在ARIC和AASK队列以及其他各种队列中进行进一步研究,以收集有关蛋白质和其他影响DNA到疾病链链的信息。


“欧洲和非洲血统中的血浆蛋白质组分析鉴定了CIS-PQTL和全蛋白质组关联研究的模型”由第一作者jingning Zhang和Diptavo Dutta共同撰写,AnnaKöttgen,AnnaKöttgen,Adrienne Tin,Pascal Schloss,Pascal Schloss,Morgan Grams,Morgan Gramss,本杰明·哈维(Benjamin Harvey),CKDGEN财团,Bing Yu,Eric Boerwinkle,Josef Coresh和Nilanjan Chatterjee。


参考:Zhang J,Dutta D,KöttgenA等。欧洲和非洲血统个体的血浆蛋白质组分析鉴定了整个蛋白质组关联研究的顺式PQTL和模型。NAT遗传学。2022. doi:10.1038/S41588-022-01051-W

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