细胞培养污染是生物学和生物医学研究以及生物制剂的生产的主要关注点。尽管某些污染物相对明显，例如细菌过度生长，但有些污染物的明显远不那么明显，例如化学物质，微生物支原体或病毒污染物，以及其他细胞系受到污染。因此，必须遵循最佳实践为了防止文化污染并保持警惕，以确定它。防止化学污染相对简单，这通常是由肮脏的实验室商品或培养试剂引入的。预防性步骤包括使用一次性实验室塑料软件或广泛洗涤，冲洗和高压灭菌的可重复使用的玻璃器皿，以及实验室级试剂和无内毒素的血清。通过将抗生素和抗生素添加到培养基中，并在层状引擎盖中练习无菌技术来减轻细菌和真菌污染。良好的无菌技术还可以防止细胞培养物与其他细胞系的交叉污染。

尽管良好的无菌练习可以最大程度地减少支原体和病毒污染，但它并不是安全的，但文化仍应经常进行测试。此外，如果已经被污染，这是分枝杆菌引入实验室的常见途径，则不能保护从另一个实验室获得的细胞系。确实，在9,395的11％在NCBI序列的一项调查中，啮齿动物和灵长类动物样品读取存档。新获得的细胞系应自动测试分枝杆菌，以防止扩散到既定培养物。从其他实验室获得的细胞系也出现了类似的问题，这些细胞系可能被误认为或交叉污染。因此，最近获得的细胞系也必须是身份验证，特别是如果它们不是直接从信誉良好的存储库中获得的。

支原体混乱：高通量检测棚

显然，支原体是一个严重的 长期 和 广泛 研究和生物制药环境中的问题。“细胞培养物的支原体污染是研究目的和生物制剂产生的主要关注，” Eloit教授解释说。 病原体发现实验室 ，研究所。“使用受污染培养的研究可以产生误导或偏见的结果，因为支原体会影响细胞特征，例如 基因表达 和 代谢动力学 ，或诱导恶性转化。对于生物制剂，支原体感染会抑制细胞增殖或诱导死亡。它还可能对细胞培养物的生物学特性产生不利影响，这可能会损害其表达重组蛋白的能力，或影响其对病毒感染的敏感性。从安全的角度来看，支原体可能构成健康 冒险 在生物制品中。”

与细菌不同，支原体不具有细胞壁，这使它们具有抗抗菌剂的抗性。“不幸的是，培养培养基的抗生素补充并不一定会阻止支原体感染或解决先前的感染，” Eloit讨论了这种弹性的微生物。“因此，在用于生物制作的研究和培养物（例如疫苗和抗体）的研究和培养物中，常规测试支原体至关重要。根据法规要求，甚至必须测试最终的生物制品。”

尽管存在现有的支原体检测方法，但没有一个是理想的，并且都遭受了某些缺点。因此，没有测试方法被认为是黄金标准方法。“支原体是灵活的，因为它们缺乏细胞壁，因此不采用标准形状。这使他们难以通过视觉显示 显微镜 在宿主细胞中。用DNA染料Hoechst染色会使支原体与宿主核的分化更为明显，但是这种方法中的方法是非特异性的，” Eloit阐述了。“这离开了 分子技术 并培养支原体本身，然后进行表型表征，这比显微镜更可取。试图通过培养进行支原体检测支原体的问题在于，某些物种不容易栽培。或者，可以在专门的指示细胞系中扩增支原体，然后进行非特异性HOECHST DNA染色。尽管这些方法专门检测到现场支原体，但它们需要专业的员工，并且由于培养步骤而耗时。相反，基于PCR的方法是敏感，特异性和快速的。但是，它们不会区分活的支原体与死去的支原体或试剂中存在的惰性核序列的其他来源。”

缺乏黄金标准，Eloit有兴趣开发改进的方法来检测支原体以及其他潜在有害的方法 微生物和病毒 。最近，他和他的团队雇用了 高通量测序 （hts）用于“一枪”检测分枝杆菌。“重要的是，我们的HTS方法将支原体培养的优势与PCR相结合。我们的方法是特定的，敏感的，相对较快的，例如PCR，但也能够将核酸与活的支原体与死去的支原体或外源性惰性核酸（如培养）区分开。我们的方法通过将改良的核苷酸添加到培养基中来实现这一目标。只有活的支原体将这种修饰的核苷酸纳入其DNA，我们可以通过HTS检测到。”

这种新颖的方法与基于HTS的一系列诊断相结合。“我们预计将更广泛地采用HTS来监测细胞培养物的前进，” Eloit对未来的设想。“这些方法是不可知论的，并且检测所有已知的微生物和病毒，甚至是目前未知的病毒。作为监管机构更新指南，HTS将有助于测试由细胞培养物（例如疫苗）生物制品的安全性。在迅速发展的情况下，像19 Covid-19疫苗的开发一样，快速测试至关重要。除了检测微生物或病毒污染物外，HTS还可以帮助表征细胞生理和细胞培养物修饰以进行过程优化的影响。另一个应用是基因治疗的转基因细胞系或病毒载体的表征。我们只是在刮擦HTS可以做的事情！”

好rriddance！使用RRID消除有问题的细胞线的文献

有问题的单元线 在生物学和生物医学研究中仍然是一个问题。这些有争议的线是由标记错误或一秒钟对一条细胞系的意外污染产生的，最终使原始线路覆盖。尽管数据库已知有问题 被污染或误诊 细胞系，例如， 大提琴 ，它们继续用于研究，这可能导致难以复制或不确定的结果，这些结果难以复制或准确地解释。 Anita Bandrowski博士 ，在加州大学圣地亚哥分校生物系统研究中心（UCSD）长期以来一直对增强生物学和生物医学研究的可重复性感兴趣。受到这种兴趣的动机，她共同创造了 Scicrunch ，由公平数据信息学运行（ FDI ）实验室在UCSD。他们的使命？使数据公平：可找到，可访问，可互操作和可重复使用。

“在Scicrunch上托管的一个数据门户是研究资源标识符，或 rrid 简称门户。我是RRID的创始人之一，我认为我是他们的最大粉丝。这些简单的数字标识符就像社会安全号码，但对于研究资源。他们告诉读者在研究中使用的精确细胞系或抗体作者。对于科学来说，这是步骤零。Bandrowski解释说，钉住了研究的“成分”列表。“使这些简单数字强大的原因是，期刊开始需要它们，并且它们将资源（例如单元线）链接到归档和不断更新的信息。”

识别有问题的细胞系是非常努力且耗时的。国际牢房验证委员会（ iClac ）是为此目的建立的，并努力选择可用的最佳证据来确定哪些细胞系有问题。但是，ICLAC将信息放置在电子表格上，因此作者必须记住它的位置并应该定期检查。Bandrowski博士解释说：“我们都知道我们应该吃得正确和运动，但我们也不总是这样做。”“另一个问题是，研究人员一直在使用名称作为细胞系，但是由于细胞系如此多，很难具体说明研究人员指的是哪一条线。这就像问“比尔·史密斯”是什么样的。哪个“比尔·史密斯”？”Bandrowski解决了这个问题。ICLAC与大提琴库（细胞系的权威来源）的合作产生了解决方案。大提琴assigned a RRID to each cell line, which would contain the full “social security record" for that cell line, i.e., all known characteristics and potential flags, which could be updated. “So now problematic cell lines were ‘called out’ in a searchable list on the Cellosaurus website,” Dr. Bandrowski exclaimed. “As journals started to require RRIDs, authors were confronted in a very immediate and direct way with critical information regarding the cell line used in their study, alerting them to any potential problem提交手稿之前。这证明了持续的唯一标识符（如RRIDS）的力量。” Bandrowski博士解释说。

由于手稿中的RRID越来越多地成为期刊的要求，因此它具有切实，积极的影响，正如最近在A中报道的那样 纸 由Bandrowski和她的团队组成。“我们有兴趣评估有问题的细胞系在研究中持续存在的程度。当我们与期刊编辑接触时，他们确认他们努力保持作者的“脚步”，以验证他们使用的细胞系是否有问题，因为这是非常密集的。然后，我研究了科学文献，发现了非常好的研究，这些研究估计了使用受污染或有问题的细胞系来估计几百篇论文或使用PubMed搜索估计有问题的细胞使用的论文的比例。这些研究都不是确定的。大提琴库和伊克拉克（Iclac）证实，有问题的细胞系的用法仍在继续。

“我的学生Zeljana感到非常兴奋，并敦促我们明确地量化了问题的范围。我的同事Ozyurt博士正在开发代码以识别细胞系。我们正在建立一个工具，以帮助作者找出要添加到其手稿中的RRID。在Zeljana的坚持下，我们在PubMed Central的整个生物医学文献上使用了此代码，并运行了分类器代码来检测作者指出他们使用的细胞系的所有句子。这是一个艰难的分析，但是我们发现的确实令人兴奋。是的，基于200万次调查的论文，有问题的细胞系仍有8.6％的时间使用。但是我们发现当作者使用RRID时，这个数字降至3.3％。因此，RRID可能会帮助研究人员避免有问题的界限，”她兴奋地总结道。她对研究人员寻求有关有问题的细胞系的资源的最终建议，“我认为ICLAC小组为科学家提供了很好的指导。他们花时间确切地解释如何查看单元线真实性。 I would differ slightly by adding: Please check your RRIDs before you start the experiment!”