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技术同时测量基因活性和DNA包装
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学分:braňo/ unsplash
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DNA包装调节基因的活性如何?为了回答这个问题,Fanka Rang和Kim de Luca,来自乔普(Jop)(Hubrecht Institute的小组负责人on Code研究者),开发了一种同时测量基因活性和DNA包装的技术。这种方法(附睾)确定了将DNA包裹的修饰蛋白的位置。重要的是要收集有关这些修饰的信息,因为它们会影响DNA的可访问性,因此会影响基因活性。因此,附睾对于研究生物的早期发育很有价值。该研究的结果发表在分子细胞4月1日英石2022。


为了将DNA拟合到细胞的细胞核中,它围绕核蛋白质紧密包装:组蛋白。根据这种绕组的紧密度,其他蛋白质可以(IN)访问DNA。这决定了是否基因表达可以将DNA转换为RNA并最终为蛋白质,可以进行。

DNA包装确定基因活性

组蛋白周围DNA的紧密度通过在组蛋白中添加分子基来调节。例如,这些所谓的翻译后修改(PTMS)可以松开DNA绕组。这使得DNA可以更好地用于某些蛋白质并实现基因表达。反过来,参与此过程的蛋白质直接识别并结合PTM。这可以转录:DNA复制过程。


基因表达的调节,例如通过PTMS,也称为表观遗传调节。由于人体中的所有细胞均具有相同的DNA,因此调节基因表达以(DE)激活单个细胞中的特定功能至关重要。例如,心肌细胞具有与皮肤细胞不同的功能,因此需要表达不同的基因。

使用附子分析单细胞分析

为了了解PTM如何影响基因表达,首先作者Franka Rang和Kim de Luca设计了一种新方法来确定修饰的位置。使用这种方法,称为附子型,研究人员可以分析单个细胞,而先前的方法只能测量大量细胞。对这样的小规模的分析提供了有关DNA绕组如何不同的知识,而不是有关许多细胞平均DNA绕组的信息。


附子剂基于DAMID,该技术用于确定某些DNA结合蛋白的结合位置。使用附子剂,可以在单个细胞中检测到特定PTM在组蛋白上的结合位置。与其他人相比,该技术的一个很大的优势是研究人员需要非常有限的材料。此外,附睾可与其他方法(例如显微镜)结合使用,以研究不同水平上基因表达的调节。

前景

随着该技术的开发,从发育生物学的角度来看,友善小组将重点关注PTM的作用。由于研究人员可以使用附生酰胺分析单个细胞,因此仅需要有限的材料即可获得足够的数据。这使研究人员能够从其第一个细胞分裂中研究生物体的早期发育,当时胚胎仅由几个细胞组成。


参考:Rang FJ,Luca KL DE,Vries SS DE等。转录组和子蛋白修饰的单细胞分析。摩尔细胞。2022; 0(0)。doi:10.1016/j.molcel.2022.03.009


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