贝勒医学院和世界领先的测序公司Illumina公司,根特大学的研究人员已经建立了一个有史以来最全面的人类转录组的目录。

通过巧妙地结合互补的测序技术深化我们对函数的理解已知的RNA分子,发现成千上万的新的RNA。更好的理解我们的转录组对更好地了解疾病过程,揭示小说至关重要的基因可以作为治疗目标或生物标记。

文章的人类非编码RNA的RNA Atlas扩展目录”,今天发表在《自然生物技术》,五年多的辛勤工作的结果,进一步解开人类转录组的复杂性。从来没有这样一个全面的努力进行描述所有的人类细胞和组织rna分子。

rna在所有的形状和大小

我们的转录组-类似于我们的基因转录的RNA分子的总和构成我们基因组的DNA链。然而,没有跟与后者的关系。首先,每个细胞和组织都有一个独特的转录组,不同的RNA生产和成分,包括组织RNA。其次,并不是所有的rna转录从典型-蛋白质编码基因,最终产生蛋白质。我们的许多RNA分子也不用作模板来构建蛋白质,但来自曾经所谓的垃圾DNA:长序列的DNA与未知函数。

这些非蛋白这些非编码rna基因有各种各样的形状和大小:短、长,甚至是圆形的rna。他们中的许多人甚至缺乏adenine-molecules的尾巴,是典型的蛋白编码rna。

300年人类细胞和组织类型和三种排序方法

“有其他项目目录我们转录组但RNA-Atlas项目是独一无二的,因为应用测序方法,”教授说Pieter Mestdagh根特大学遗传医学中心。“我们不仅看多达300个人类细胞的转录组和组织类型,但最重要的是,我们用三个互补的测序技术,针对小分子RNA,一个旨在腺苷酸(聚)RNA和一种称为总RNA序列的技术。”

最后测序技术发现成千上万的小说非编码RNA基因,包括小说类non-polyadenylated单外显子基因和许多新的循环RNA。结合和比较的结果不同的测序方法研究人员能够定义为每一个测量RNA转录丰度在不同的细胞和组织,是否有polyA-tail(似乎有些基因这可能与细胞类型不同细胞类型),和是否线性循环。此外,该财团搜索,发现重要线索在决定一些ncRNAs的功能。通过查看abundancy他们发现不同的RNA在不同细胞类型的相关性表明监管职能,并可能决定本条例发生在转录水平上(通过阻止或刺激转录的蛋白质编码基因)或转录后(如通过分解RNA)。

生物医学科学的宝贵的资源

所有数据,分析和结果(相当于几个库的信息)可以下载和审讯的R2门户网站,使社区能够实现这个资源作为一种工具的探索非编码RNA生物学和功能。

贝勒医学院的教授帕维尔Sumazin:“通过结合所有的数据在一个全面的目录,我们已经创建了一个新的宝贵的资源对全球生物医学科学家研究疾病过程。更好地理解复杂的转录组确实是必要的,以便更好地了解疾病过程,揭示小说的基因可以作为治疗目标或生物标记。RNA治疗的时代已经迅速上升,我们都目睹了令人印象深刻的核糖核酸疫苗,和第一药物靶RNA已经应用于临床。我相信我们会看到更多这样的疗法在接下来的几年,几十年。”

参考:Lorenzi L,邱H-S,阿维拉Cobos F,等。人类非编码RNA的RNA Atlas扩展目录。生物科技Nat》。2021:1-13。doi:10.1038 / s41587 - 021 - 00936 - 1

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