2020年3月4日，英国确认了84例Covid-19案件。从世界其他国家中学到的经验教训表明，这个数字不会长期保持较低。一支科学家团队于3月11日聚集在一起，讨论如何将基因组学应用于COVID-19的研究，并用于为公共卫生的行动和政策决策提供信息。这是COVID-19基因组学英国财团（COG-IK）。

COG-UK是国家卫生服务（NHS）组织，英国四个公共卫生机构，惠康桑格研究所和英国学术机构之间的合作伙伴关系。它将快速的全基因组测序适用于从已通过“柱子一”和“支柱二”诊断途径。支柱One途径包括医院的诊断实验室，在该实验室中，从不适并被送往医院的患者那里收集样品。支柱的两条途径包括从未被医院送往医院的个人和在长期护理设施中的个人的实验室。

惠康桑格学院正在测序通过柱子两途径获得的数十万样品的基因组。杰弗里·巴雷特（Jeffrey Barrett）博士是Wellcome Sanger Institute的COVID-19基因组学计划的导演和首席Covid-19统计遗传学家。在这次访谈中，他解释了将基因组学工具应用于研究病原体的重要性，讨论了该计划在探索关注的变体中的作用，并概述了如何应用生成的数据来为公共卫生的决策提供信息。

莫莉·坎贝尔（MC）：请您能告诉我们有关Covid-19基因组学计划以及您作为导演的角色吗？

杰弗里·巴雷特（JB）：我们是COG-UK联盟的一部分，该联盟汇集了来自英国各地的基因组，公共卫生和病毒学专业知识。Wellcome Sanger Institute是该财团中最大的测序中心，还开发了分析和软件，以帮助了解病毒的传播方式，以及新变体是否改变了该病毒的传播方式或它们是否可以逃脱疫苗。

MC：为什么基于基因组学的SARS-COV-2研究很重要？

JB：SARS-COV-2病毒的RNA基因组为30,000个字母。在大多数情况下，从一个受感染者到另一个感染者的完全相同，但有时会发生突变，这是基因组中未经纠正的拼写错误。突变一直发生，大多数人不会改变病毒的生物学特性。我们可以将这些突变用作“条形码”，以追踪病毒如何从一个人和一个地方传播到另一个人。然而，有时会出现有关它们的突变，因为它们会改变病毒的行为。

MC：该计划正在使用哪些基因组学工具？

JB：我们使用COG-UK开发的称为ARTIC的实验方案来靶向用于测序的病毒的基因组。在Sanger，我们使用Illumina Novaseq测序机有一条高通量管道，每周可以产生20,000个病毒基因组。使用一套一致的开源生物信息学管道在生物信息学平台上共同分析数据。

MC：该计划教会了我们关于SARS-COV-2到目前为止突变的能力的知识是什么？

JB：病毒突变相对较慢：通常每月大约两个新突变。但是有时我们会看到大量突变发生了，其中一些是最近引起关注的关注的变体。也已经看到了已经长期感染该病毒的个体的几个突变的模式，因此一个假设是这样的事件是这些变体的来源。

MC：您能否谈谈该计划在探索一些已经存在的变体中的作用强调为关注的变体？

JB：我们一直是世界上世界上最大的测序站点，因此我们的第一个贡献是产生已融入发现B.1.1.7的分析的数据，并评估了其扩散量的增加和可能增加的死亡率。我们还研究了统计模型，以研究这些问题，并为公共卫生团队的产出做出了贡献，以用于大流行反应。

MC：COVID-19基因组学计划正在监测可能影响疫苗工作方式的突变。突变如何做到这一点？考虑到正在开发的疫苗的数量，这项工作是否存在挑战？

JB：我们可以看到，一些关注的变体，尤其是B.1.351在实验室和临床试验中显示出更大能力逃避某些疫苗的证据。目前尚不清楚这是否仅仅是感染，或者他们是否还可以逃避对疫苗的真正出色保护，以防止严重疾病。我们认为最有可能的机制是，当某些突变改变了我们大多数抗体的瞄准的峰值蛋白的一部分时。

MC：您如何设想基于基因组学的研究将继续在我们浏览Covid-19全球大流行时继续为科学界服务？

JB：监视更多可能的疫苗逃生突变，并希望向公共卫生当局提供该信息，以防止它们变得广泛，这将非常重要。如果特定令人担忧的变体确实广泛流通，也已经有计划生产更新的疫苗，可以将其部署为助推器。

杰弗里·巴雷特（Jeffrey Barrett）正在与技术网络科学作家莫莉·坎贝尔（Molly Campbell）讲话。捷克葡萄牙直播