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测序地球上的生活,一次是一个真核生物
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测序地球上的生活,一次是一个真核生物

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测序地球上的生活,一次是一个真核生物

学分:佛罗里达州自然历史博物馆Jerald Pinson。
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人类基因组项目这是一项国际和协作研究,以对整个人类基因组进行排序,于2003年完成,比计划提前两年。它标志着“基因组时代”的诞生,一个时期下一代测序技术(NGS)能力和速度会大大提高,同时降低成本。


HGP完成近20年后,在现代社会和科学研究中可见基因组时代的影响。基因组测序现在与农业研究,,,,个性化医学,研究人类的历史最近导航我们对COVID-19大流行的反应


HGP完成十五年后,科学家将目光投向了一个新目标:地球生物组项目(EBP)。它被描述为一个生物学的“月经”项目,旨在对180万种植物,动物和真菌种类的基因组进行测序,分类和特征。单细胞真核生物 - 在地球上,十年。


“ EBP的想法是由我孵化的,吉恩·鲁滨逊教授约翰·克雷斯教授在2015年,”哈里斯·莱温(Harris Lewin)罗伯特(Robert)和罗莎贝尔·奥斯本捷克葡萄牙直播技术网络。“主要的激励因素是,由于缺乏真核物种的高质量基因组序列,我们都在研究中遇到了障碍。”

为什么需要EBP?

三人在史密森尼机构2015年,来自美国主要资助机构的一些世界上一些最著名的基因组科学家和代表参加了该项目的可行性。


会议得出的结论是,像EBP这样的全球倡议对于维护生物多样性和维持人类社会至关重要,现在必须发生。Lewin解释说:“由于气候变化,栖息地破坏和其他人为因素,对世界生物多样性,生态系统,农业和能源供应的威胁现在至关重要。”

了解生物多样性危机

地球上的生物多样性数量正在迅速下降 - 这被称为生物多样性危机。一些科学家认为保护生物多样性比解决气候变化更为挑战。


根据联合国自1900年以来,土地栖息地中本地物种的平均丰度下降> 20%。超过40%的两栖动物,33%的珊瑚礁珊瑚和三分之一以上的海洋哺乳动物受到威胁。自16个以来,至少有680种脊椎动物已灭绝Th到2016年,用于食品和农业的哺乳动物中有超过9%的哺乳动物灭绝。


在项目发作之前,只有0.6%的已知真核生物已测序基因组。因此,缺乏解决这些全球问题的基本知识和生物基础设施。Lewin说:“保护基因组学是一门相对较新的学科,可为保护和濒危物种生成基因组信息,以实现保护目的。了解其余人群的基因组多样性有助于制定物种管理计划。”他注意到加利福尼亚保护基因组学项目作为这样的管理计划的主要例子。

EBP的诞生

在接下来的两年中,在史密森学会(Smithsonian Institution)进行了初步讨论之后,包括2017年首次国际生物多样性基因组学会议 - 制定了所有真核生物的计划。在2018年夏天,EBP的宣言出版了在里面美国国家科学院论文集(PNAS)期刊。不久之后,该项目于秋季正式在伦敦的惠康信托基金会(Wellcome Trust)正式启动。


宣言概述了EBP的关键性能指标和严格的时间范围。“We must lay the foundation for the future by completing this project in 10 years, as we have proposed, before it is too late to save genomic information for up to 50% of earth’s biodiversity that may be lost during the ongoing sixth mass extinction of life on earth,” says Lewin.

EBP的关键性能指标和时间范围。信用:地球生物组项目。


宣言还概述了EBP对每个物种进行排序的逻辑,而不是每个家庭或属的一个代表成员。EBP背后的领导力认为,对每个属或家庭进行采样一个物种不会对此类群体的进化复杂性进行现实评估。“虽然认识到为每个物种获取样本可能是不可行的,但实用主义并没有否定试图这样做的主要科学和社会需求”宣言阅读。

当前的进步和未来观点

EBP于2018年秋季在伦敦的惠康信托基金会正式启动。从2018年到2020年,该项目处于“启动”阶段,重点是制定标准,策略,组织跨区域和国家翻译项目以及建筑社区。赌欧洲杯赔率

“ EBP将彻底改变进化领域,并将对农业,医学和环境科学产生重大影响,” - 哈里斯·莱温(Harris Lewin)。

EBP由国际“网络网络”组成,它是其他“大型项目”的总体核心,例如达尔文生命之树。迄今为止,有43个机构和49个附属项目正在研究真核分类单元,个人科学家正在参与多个项目。哈里斯(Harris)解释说:“我们算出目前正在参加EBP活动的100个国家中约有5000名科学家。这个全球社区积极参与该项目的各个方面,从收集样本,生成和组装基因组和分析数据。”他预计,通过网络出生的许多合作将远远超出最后一个基因组的测序。


2022年1月,EBP宣布它进入了一个新阶段,从试点项目过渡到全面生产测序。该声明伴随着一系列发表的论文PNAS概述了迄今为止该项目的一些主要成就。



Lewin强调,生成的大量数据将被开放:“要成为EBP的成员,每个机构和项目都必须承诺免费和开放数据访问数据,并需要将原始数据和基因组组件放入公共数据库,例如GenBank。”成员还必须承诺遵守生物多样性公约,一项具有三个目标的多边条约:保护生物多样性,其组成部分的可持续使用以及遗传资源产生的收益的公平和公平分享。


当前阶段(第一阶段)的目标是为约9,400个分类家庭创建参考基因组,其中已经生产了200个。预计到2022年底,将完成3,000多个序列。Lewin确信,在未来几年中,EBP的进步将“彻底改变”进化研究,“对农业,医学和环境科学产生重大影响”。


本文在《科学观察家》第12期中介绍了捷克葡萄牙直播技术网络每月杂志。要下载此问题的副本,请单击下面的链接。


认识作者
莫莉·坎贝尔
莫莉·坎贝尔
高级科学作家
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